La fachada principal destaca por sus tres magníficas portadas -que refieren el estilo barroco de transición- y por los dos campanarios herrerianos de sus elevadas torres.
Las portadas se concluyeron hacia 1664. Cada una consta de tres cuerpos y aunque ostentan ornamentación de tendencia barroca, sus columnas y pilastras conservan las típicas formas clásicas, superponiendo los órdenes dórico, jónico y corintio.
Otros elementos que decoran a estas portadas son los jarrones, esculturas de ángeles y motivos vegetales. En 1678 se da fin a la torre norte y a la otra en 1768; miden 69.36 m de altura y son consideradas como las más altas de México.